Richard Neher: des sauts évolutifs jamais vus chez d'autres virus

Avec sa plate-forme Nextstrain, Richard Neher analyse l'évolution et la répartition mondiale de différents virus, dont le SARS-CoV-2. ©Matthew Lee/Biozentrum, Université de Bâle
Coronavirus
Keystone-ATS
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Des sauts évolutifs aussi rapides que chez le SARS-CoV-2 n'avaient jamais été observés chez aucun autre virus. Il faut se préparer à d'autres surprises, selon Richard Neher, biophysicien à l'Université de Bâle.

Un retour à la case départ de cette crise sanitaire mondiale est peu probable, mais on ne peut encore guère estimer à quoi ressemblera la "nouvelle normalité", déclare le chercheur mercredi dans une interview publiée par l'alma mater bâloise.

La grande variabilité du coronavirus a surpris même les spécialistes. Omicron ou Alpha ont évolué à plusieurs endroits "sans que l'on ait observé de précurseurs", ajoute le Pr Neher.

Qu'un variant d'un virus aussi étroitement surveillé que le SARS-CoV-2 surgisse de nulle part avec autant de mutations - 30 à 40 pour Omicron - est "absolument surprenant", selon lui.

Origine mystérieuse

Actuellement, trois variants d'Omicron sont en circulation, avec différentes mutations: le principale BA.1, son petit frère BA.2, déjà dominant en Scandinavie, en Inde et aux Philippines, et BA.3, peu répandu. "Cela rend l'origine d'Omicron encore plus mystérieuse. A ce jour, nous ne pouvons expliquer cette évolution atypique", dit Richard Neher.

Le sous-type BA.2 est déjà présent en Suisse, selon le rapport hebdomadaire de la Task Force scientifique de la Confédération publié mardi, bien qu'encore très rare.

L'évolution est incertaine, mais pour l'expert bâlois, il est possible que BA.2 devienne à son tout dominant et provoque un deuxième pic, ou prolonge tout simplement la vague Omicron. Une immunité croisée n'est pas exclue du fait des similitudes entre ces variants.

Dans le futur, il se pourrait qu'Omicron évolue encore, qu'un variant comme Delta reprenne de la vigueur ou encore qu'un nouveau apparaisse. "Le développement d'hybrides par recombinaison d'anciens variants est également possible, c'est quelque chose que l'on connaît déjà des coronavirus", souligne Richard Neher.

Des hauts et des bas

Avec les hauts et les bas actuels, il est trop tôt pour parler d'une situation endémique, note le scientifique. La proportion de personnes non immunisées - vaccinées ou guéries - est encore trop élevée. Et même si Omicron devait signifier la fin de la pandémie, endémique ne signifie pas forcément doux: le virus de la polio par exemple était endémique. De manière générale, la frontière entre une pandémie et une situation endémique est floue et le chemin cahoteux.

Pour le biophysicien, il est difficile de prévoir la gravité des prochaines vagues: "Elles pourraient être plus graves ou moins graves que celles de la grippe".

Plus l'immunité dans la population progresse, moins le virus a la tâche facile. Il y a la protection par les anticorps, mais il y a aussi l'immunité cellulaire. "Cette dernière est beaucoup plus difficile à contourner pour le virus, car nos lymphocytes T, contrairement aux anticorps, sont capables de reconnaître le virus à plusieurs endroits", conclut l'expert, par ailleurs membre de la Task Force scientifique de la Confédération.

Richard Neher surveille avec sa plate-forme Nextstrain les variants du SARS-CoV-2 actuellement en circulation au niveau mondial. Fondée en 2015, elle visait à l'origine à pouvoir prédire l'évolution de virus, celui de la grippe en particulier, pour lequel un nouveau vaccin doit être développé chaque année.

ATS
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